COVID 19 : Quand le séquençage permet le suivi épidémiologique en région Occitanie du SarsCoV2
En janvier 2021, pour accompagner l’équipe de Jacques Izopet du CHU de Toulouse, avec qui nous travaillons depuis de nombreuses années sur l’hépatite et le VIH, et répondre aux besoins en région Occitanie, GeT-PlaGe a mis son expertise en séquençage au service du suivi épidémiologique du COVID-19.
Nous avons séquencé plus de 5000 échantillons en 2021. Outre l’aide au diagnostic, ces données ont permis de réaliser plusieurs études scientifiques notamment sur les variants en Occitanie. Conformément aux principes de la science ouverte mis en avant à INRAE, l’ensemble des séquences a été mis à disposition de la communauté internationale via la plateforme GISAID qui fait référence dans le domaine.
A l’automne 2021, seul site en Europe, GeT-PlaGe a participé avec le CHU de Toulouse à la validation en early access d’une solution sur séquençage Sequel II de PacBio, selon un protocole moins affecté par les mutations et donc plus à même d’identifier les nouveaux variants.
Trois petites minutes pour en savoir plus sur le site de Get Plage
Lien des publications :
- C. Dimeglio, M. Miedougé, JM. Loubes , JM. Mansuy , J. Izopet. Estimating the impact of public health strategies on the spread of SARS–CoV-2: Epidemiological modelling for Toulouse, France. Rev Med Virol 2021:e2224.
- C. Dimeglio, M. Milhes, JM. Loubes, N. Ranger, JM. Mansuy, P. Trémeaux, N. Jeanne, J. Latour, F. Nicot, C. Donnadieu, J. Izopet. Influence of SARS–CoV-2 variant B.1.1.7, vaccination and public health measures on the spread of SARS–CoV-2. Viruses (sous presse).
- C. Dimeglio, F. Nicot, M. Miedougé, JL. Chappert, C. Donnadieu, J. Izopet. Influence of age on the spread of SARS–CoV-2 variant B.1.1.7. J Clin Virol 2021;13(5):898.
Le communiqué de presse INRAE : Un traçage des variants du SARS-CoV-2 en Occitanie